KTKDK koostööpartneriteks on Eesti Teaduste Akadeemia Underi ja Tuglase Kirjanduskeskus (ETA UTKK) ning Eesti Kirjandusmuuseum, ametlikuks välispartneriks on Göttingeni Ülikooli Kultuuriteaduste keskus (Zentrum für Theorie und Methodik der Kulturwissenschaften, ZTMK).

Alates 2012. aasta kevadest on partneriks Eesti Arnold Schönbergi Ühing; alates 2016. aasta sügisest  Eesti Kunstimuuseum ja Eesti-uuringute Tippkeskus.

Kultuuriteaduste ja kunstide doktorikooli partnerid (TLÜ, TÜ, EMTA, EKA) jaotavad omavahel vastutuse õppe- ja teadustegevuse korraldamise eest ning selleks ette nähtud eelarvelised vahendid. Göttingeni Ülikooli kultuuriteaduste keskus (ZTMK) osaleb KTKDK projektis mitterahalisel moel.